Al in 1935 waren er plannen om de dispositie te wijzigen, maar uiteindelijk vonden deze plannen pas in de Tweede Wereldoorlog doorgang. Het orgel werd gereviseerd en de dispositie gewijzigd.

In 1967 is het Valckx & Van Kouteren-orgel door de firma De firma Vermeulen uit Weert verplaatst van boven de kansel naar de tegenoverliggende torenzijde. Ook de dispositie werd opnieuw gewijzigd, waarbij onder meer de oude Mixtuur werd vervangen en het oude pijpwerk werd gebruikt voor het samenstellen van een Octaaf 2' in plaats van de Salicionaal 8'. Bovendien verdween de zwelkast rond het pijpwerk van manuaal II.

De dispositie van het Valckx & Van Kouteren-orgel (1928) sinds 1967:
Manuaal I: Bourdon Prestant Roerfluit Octaaf Fluit Gedekt Octaaf Mixtuur Cornet disc. Trompet	16 voet 8 voet 8 voet 4 voet 4 voet 2 voet II-IV sterk V sterk 8 voet	Manuaal II: Gedekt Vioolprestant Holpijp Violine Open Fluit Quint Woudfluit Terts Basson Hobo	16 voet 8 voet 8 voet 8 voet 4 voet 2 2/3 voet 2 voet 1 3/5 voet 8 voet	Pedaal: Subbas  Violon Fluitbas Koraalbas Bazuin	16 voet 16 voet 8 voet 4 voet 16 voet
Werktuiglijke registers: Koppel  Manuaal I-Manuaal II Superkoppel Manuaal I-Manuaal II Superkoppel Manuaal I Subkoppel Manuaal II Koppel Pedaal-Manuaal I Koppel Pedaal-Manuaal II Superkoppel Pedaal Vrije combinatie Vaste combinaties Generaal Crescendo Tremolo Manuaal II		Overige gegevens: Manuaalomvang: C-g’’’ Pedaalomvang: C-f' Stemming: evenredig zwevend Toonhoogte: a’ = 440 Hz Tractuur: pneumatische kegelladen

Ondanks dat de kerk niet meer in gebruik is bij de Protestantse Gemeente Terneuzen, is het orgel nog wel aanwezig.
In 2014 heeft de firma Nijsse alle registermembramen en enkele toonmembramen (waarvan de meeste uit 1986 dateerden) vernieuwd. Ook zijn alle membramen in de speeltafel vernieuwd, de stemkrukken van de Basson-Hobo gerepareerd en enkele lekkages verholpen.
In 2015 is begonnen aan een gedeeltelijke reconstructie naar de situatie van 1928. Hierbij is de Octaaf 2' op een aparte windlade, voor de windlade van het hoofdwerk geplaatst. Op de vrijgekomen plaats is de Viola di Gamba van het tweede manuaal geplaatst als Salicionaal. Op het tweede klavier kwam een meer ingetogen Viola di Gamba. Deze is afkomstig uit het voormalige Spiering-orgel van de Gereformeerde Gemeente van Krabbendijke. Het pijpwerk van het tweede klavier werd in een zwelkast geplaatst. Deze is afkomstig uit het Van Leeuwen-orgel van de Valkenboschkerk in Den Haag, evenals de windlade die wordt gebruikt voor de Octaaf 2'. In 2019 zijn de werkzaamheden afgerond.

Situatie voor 1941. Foto ©: Collectie J. Poldervaart